虎门站是广深港高速铁路在东莞市境内设置的唯一站点，是集高铁、城轨和地铁于一体的区域性综合交通枢纽。

虎门站有 “空中火车站”之称，火车站台离地面18米高。虎门站建筑采用展翅飞翔的蝴蝶造型。

虎门站有三层，地面一层是售票厅，地上二层是站厅层，主要为候车区，地上三层是站台层。