东莞东站最早于1991年修建完成投入使用，后经过数次扩建革新，在2018年实现了刷脸入闸的服务，彻底完成火车站至铁路综合枢纽的改造。

东莞东站目前的候车室面积大约可以同时容纳1万旅客左右，车站等级被评为二等站。