查干湖原名查干泡、旱河，蒙古语为“查干淖尔”，意为白色圣洁的湖。

经考古发现，查干湖边的青山头，早在一万三千余年前的旧石器时代晚期就有古人类居住，一直到距今四、五千年左右的新石器时代，人类仍然在这里繁衍生息。

在2007年8月1日，查干湖经国务院批准列为国家级自然保护区，而以查干湖冬捕为标志的渔猎文化也成为其文化遗产之一。