甲基红的乙醇溶液经长时间保存后，可因羧基起酯化作用而使灵敏度显著降低，最大吸收波长410nm，可用于原生动物活体染色和酸碱指示剂。

甲基红可与溴甲酚绿和亚甲基蓝组成混合指示剂以缩短变色域和提高变色的敏锐性，沉淀滴定的吸附指示剂，如用硝酸钍滴定氟离子;检定游离氯、亚氯酸盐等氧化剂。

2017年10月27日，世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单初步整理参考，甲基红在3类致癌物清单中。