截至2020年，神农架林区下辖6个镇，2个乡。有松柏镇、阳日镇、木鱼镇、红坪镇、新华镇、九湖镇、宋洛乡、下谷坪土家族乡。

神农架属于北亚热带季风气候区，是亚热带气候向温带气候过渡的区域。夏季湿润多雨，冬季温和少雨。春夏之交常有冰霜发生，冰霜期一般为9月底至次年4月底。