交叉感染是美瞳线的危害之一，尤其是在一些不正规的美容场所纹美瞳线，用于纹美瞳线的纹刺针同步会经过严格消毒杀菌，甚至会出现反复使用同一套纹刺针的情况，遇到患有可以通过血液传播的疾病患者，使用同一套纹刺针后很容易被感染。

损伤眼球

美瞳线还会对眼球造成一定损伤，因为美瞳线通常都会紧贴着睫毛根部，会对眼球造成绝大刺激，稍有不慎还会误伤眼球。并且在纹美瞳线过程中还会使用药水，药水进入眼睛会对角膜造成损伤，导致眼睛长期出现干涩、刺痛的感觉。

影响美观

纹美瞳线会对上眼帘表皮造成一定疮伤，所以眼睛一定会出现红肿的情况，通常需要3～7天才能恢复。遇到纹绣技术不过关的医生时，还可能会造成两只眼睛眼线不对称或形状怪异的现象，严重影响美观性。