1、地理位置不同：蒙古国位于中华人民共和国以北、俄罗斯联邦以南，是一个被两国包围的一个内陆国家。蒙古虽然不与哈萨克斯坦边境接壤，但其最西点到哈萨克斯坦的最东端只有38公里。

内蒙古自治区位于中华人民共和国的北部边疆，东、南、西依次与黑龙江、吉林、辽宁、河北、山西、陕西、宁夏和甘肃8省区毗邻，跨越三北(东北、华北、西北)，靠近京津，北部同蒙古和俄罗斯接壤。

2、制度不同：蒙古国的首都及最大城市为乌兰巴托，其政治制度是议会制共和国。历史上，蒙古国的领土曾长期属于中国。而内蒙古简称“内蒙古”，为中华人民共和国省级行政区，首府呼和浩特，采用的是人民代表大会制度。