1、两者成像原理是不同：CT利用的是X线对身体进行横断面的扫查，而核磁共振利用的是外加磁场，对身体各部位可以进行多方面扫查；

2、CT对人体是有辐射的，根据检查部位不同、检查方式不同，会有不同辐射，而核磁共振对人体是没有辐射的；

3、检查的侧重点不同：CT对于密度的分辨率比较高，所以对头部疾病、肺部疾病以及骨骼系统疾病有着独特的诊断价值，而核磁共振对软组织的分辨率比较高；

4、价格不同：CT价格一般在200元左右，而核磁共振一般在500元左右。