1.服务对象不同：主板：主要针对大1653型蓝筹企业挂牌上市，分为上海证券交易所主板（股票代码以60开头）和深圳证券交易所主板（股票代码以000开头）。新三板：主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股转系统挂牌；

2.投资群体不同：主板：投资者结构以中小投资者为主，方式为购买股票。新三板：目前暂时只能成为挂牌企业，不能算上市公司。

3.服务目的不同：主板：以股票交易为主要目的，同时也为企业提供融资、投资者退出等提供便利；新三板是中小微企业与产业资本的服务市场，主要是为企业发展、资本投入与退出服务。