1、进入门槛不同：中小企业板块的进入门槛较高，上市条件较为严格，接近于现有主板市场；而创业板的进入门槛较低，上市条件较为宽松。

2、运作方式不同：中小企业板块的运作采取非独立的附属市场模式，也称“一所两板平行制”。中小企业板块作为深交所的补充，与深交所组合在一起共同运作，拥有共同的组织管理系统和交易系统，甚至采用相同的监管标准，所不同的主要是上市标准的差别；创业板的运作采取独立模式，即创业板与主板市场——上交所分别独立运作，拥有独立的组织管理系统和交易系统，采用不同的上市标准和监管标准。

3、设立时间不同：从设立的时间顺序来看，中小企业板块要先于创业板。