1、性质不同：

CT即电子计算机断层扫描，是利用精确准直的X线束，γ射线，超声波。

核磁共振是磁矩不为零的原子核，在外磁场作用下自旋能级发生塞曼分裂，共振吸收某一定频率的射频辐射的物理过程。

2、原理不同：

CT是用X射线束对人体某部一定厚度的层面进行扫描，由探测器接收透过该层面的X射线，转变为可见光后由光电转换变为电信号。

核磁共振波谱学是光谱学的一个分支，其共振频率在射频波段，相应的跃迁是核自旋在核塞曼能级上的跃迁。

3、敏感度不同：

CT检查对中枢神经系统疾病，头颈部疾病的诊断，大血管检查等也有很大的价值。

核磁共振可以随意做任何角度的切层，且无辐射。对颅脑，脊柱和脊髓等的解剖和病变的显示，都比CT要好。