1、高校性质不同：

二本高校主要是省属本科院校和普通公办本科院校，综合实力通常低于在高考进行本科一批录取的院校；三本高校一般为独立学院和民办高校。

2、获得财政资助不同：

二本高校大都是公办高校，只要是公办高校就可以获得财政资助，因此学费相对便宜；但是三本院校都是独立学院和民办高校，都不能够获得财政资助，因此学费比较昂贵。

3、社会认可不同：

二本高校由于以公办高校居多，因此社会认可度高；三本高校由于以民办性质为主，因此社会认可度不高。