分离定律和自由组合定律两者之间存在的区别是基因分离定律，其实就是说的等位基因进行分离的现象，这个定律主要就是说等位基因其实是相互独立的。而自由组合定律则是说的非等位基因能够相互组合，这一定律所指出的是非等物的基因也是能够进行相互的任意组合。其实自由组合定律以及分离定律都是出现在减数分裂之中，而且两者的联系是发生的时间是相同的。所谓的基因分离定律就是单纯的一对相对性状Aa遗传，而自由组合定律则是两队或更多的相对性状，子代或亲代能够自由重新组合。