1、手术原理不同：全飞秒手术是完全用飞秒激光完成，手术利用飞秒激光在角膜层进行两次扫描，从而形成一枚透镜。通过角膜侧切口，将透镜取出达到矫正近视的目的。半飞秒手术是通过飞秒激光先进行角膜瓣的制作，再通过准分子激光对角膜组织进行切削，改变角膜曲率来达到矫正近视的目的。

2、手术特点不同：全飞秒激光手术最大的特点是不需要制作角膜瓣，避免了由于外力所导致的术后角膜瓣脱位，适合参军人员或者运动员。全飞秒手术对角膜神经的破坏较少，从而术后发生干眼症的概率也较低。

3、适用人群不同：全飞秒手术主要适用于近视度数低于800度的近视患者，半飞秒手术相对于全飞秒激光手术而言，矫正的范围要更广，一般是用于1000度以下的近视患者。