1、概念不同：

在职研究生是以在职人员的身份，部分时间在职工作，部分时间在校学习的研究生学历教育的一种类型。它属于国民教育，它包含所有在职人员考研形式，当然也包括专业硕士，因此两者也是包含与被包含的关系。

专业型硕士是攻读研究生教育的一种形式，重点培养特定职业高层次专门人才，其学习方式比较灵活，可分为非全日制在职研究生和全日制研究生两类。

2、报考条件不同：

在职研究生除了非全日制专业硕士外，还包括同等学力申硕，两者的报考条件是不同的。

同等学力是一种先入学后考试的考研方式，拥有大专及以上学历可报考课程班学习，想要 参加申硕考试的学员，需持有本科学位及学历，并拥有三年工作经验，考试通过，最终获得硕士学位。

非全日制专业硕士管理类专业的报考条件是大学本科毕业有3年以上工作经验，或获得国家承认的高职高专毕业有5年以上工作经验，或已获硕士学位或博士学位并有2年以上工作经验的人员。

非管理类专业的报考条件是大学本科学历毕业，或大学专科学历毕业并满2年以上，已获硕士、博士学位的人员。

3、所获证书不同：

在职研究生绝大部分毕业后获得的是硕士学位证书以及结业证书，不能获得毕业证书，但证书含金量与国家统招研究生硕士学位证含金量一致，对评职称、升职加薪都有很大帮助。

专业硕士毕业后获得硕士学位证书以及毕业证书。