1、印制要求不同：前者由国务院税务主管部门指定的企业印制；后者按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制；

2、使用主体不同，前者只能由增值税一般纳税人领购使用；后者由从事经营活动并办理税务登记的各种纳税人领购使用；

3、内容不同：前者除具备普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额等内容；

4、联次不同：前者有四联次和七联次两种，后者只有三联；

5、作用不同：前者不仅是购销双方收付款的凭证，而且可用作购买方扣除增值税的凭证；而后者除运费、收购农副产品、废旧物资的按法定税率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。