1、办学类型不同

独立学院是本科，而民办学院是本科、专科都有。独立学院是按照教育部行政规章设立的，而民办学院是按照民办教育促进法设立的。

2、毕业证书不同

民办学院有自己的校名、组织机构、师资力量和自己独立颁发的毕业证书。但是独立学院一般都是在某个大学名下设立的。可能会和挂名大学在同一个校园，也可能在师资量方面有共享，这是民办学院没有的优势。

独立学院毕业时，如果成绩好的学生可以推荐使用挂名院校的毕业证书，但是毕业证书上可能会略有差别。但是民办学院会有自己的毕业证书。

3、学费不同

独立学院因为不是公办院校，所以一般学费都会比较贵，基本学费都在一万以上，独立院校大多是在本科三批招生，但是现在在很多省市都合并到本科二批招生了。同类型专业里面，公办学院的学费是最低的，民办和独立院校的学费都比较高，大约是公办高校的2~3倍。