过氧乙酸可以存放在不锈钢容器中，不会对不锈钢造成腐蚀。应注意的是，储存时应使用塑料容器，而不是玻璃瓶等膨胀性较差的膨胀性容器。过氧乙酸储存容器应留有不超过5%的间隙，以防止容器因液体蒸发和膨胀而破裂，严禁使用铁或铝等金属容器储存。可用于食品工业设备、医疗器械等医疗器械的消毒。玻璃、塑料、搪瓷、不锈钢、人造纤维和其他耐腐蚀物品通常可以用过氧乙酸消毒，也可用于土壤、污水、泥浆等的消毒。低浓度过氧乙酸溶液及其气溶胶可用于橡胶制品、棉织物、水果、蔬菜和皮肤的消毒。