1、工作重心不同

中统的工作重心是监控国民党机关内部情况，打击一切国民党之外的党派，控制社会舆论和思想。

军统属于国民党军队序列，主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。

2、工作领域不同。

中统的属党内，军统的属军中。

3、外表特征不同

军统属于军队，穿军装。

中统属于党，不穿军装。

4、成立原因不同

中统是国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。

军统既是为了加强集权，更是为日后的全面抗日战争做准备。

5、组织形式不同

中统局在国民党各省、市、县党部都有有分支机构，以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点，特务活动遍及全国。

军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。组是军统局特工组织的基本单位。由于任务不同，组又分普通组、潜伏组、行动组、策反组、随军组、防谍组等。每组通常由十人左右组成。