银耳百合性凉，风寒咳嗽和脾胃不好的人不宜食用，食用过多后可能会导致肺肾的损伤，从而加重病情。银耳百合汤不能放置过夜后食用，长时间放置后的银耳会分解对人体有害的亚硝酸盐。

银耳百合汤味甜，含有丰富的糖分，长期食用会引起人体肥胖，孕妇和糖尿病患者过多的食用也不利于控制血糖含量。银耳中含有胶质，食用过多容易喉咙起痰，引起咽喉不适。胃酸过多或者夜尿比较多的人群，也要尽可能的少吃。

银耳具有抗血小板凝聚的作用，食用后会加重伤口出血的状况，不利于伤口恢复，有出血病的人也不能食用。老年人不适合过量的食用银耳，会对消化道造成损伤，导致肠梗阻的发生。