虹桥火车站的出站口设在站台两端，分别标有“出站(北)”、“出站(南)”的字样。旅客到站后可遵循就近原则，选择距离自己更近的一侧进出站。

车站的地下一层设置有换乘通道，位于站台正下方，两侧分布出站检票口。换乘通道往东可到达虹桥机场T2航站楼和东交通中心，向西通往长途汽车站、地下车库和西交通中心。