南通站的造型取“大鹏展翅”之意，象征南通站为南通市的外部枢纽，也表达了南通作为区域的江海门户、交通枢纽地位。

截至2016年5月，南通站站房的总建筑面积为11740.6平方米。

截至2016年5月，南通站站房采用对称式布置，呈“一”字形，中轴对称，布局呈庭院式。