花都站位于广州市花都区新华街道站西路、毗邻广州北站西侧。

广州北站的城际站场命名为“花都站”是由于地方铁路公司在共用国家铁路部分资源的情况下参与独立运营部分站场，导致付费管理模式暂不兼容，因此改名“花都站”以区别干线铁路上的广州北站。