南京站位于南京市的玄武区，车站前就是玄武湖，可以通过乘坐地铁1号线与地铁三号线到达。

南京站南广场为旅客主要集散区域，直接连接到地铁1号线与各停车场。南京站北广场是配合沪宁城际铁路运营扩建的，比较接近地铁3号线、9号线以及南京汽车客运站。