自然资源局包括的单位有办公厅、综合司、法规司、自然资源调查检测司、自然资源确权登记司、自然资源所有者权益司、自然资源开发利用司、国土空间规划局、国土空间生态修复司。

自然资源局还包括国土空间用途管制司、耕地保护监督司、地址勘察管理司、矿业产权管理司等、矿产资源保护监督司、海洋战略规划与经济司、海岛海岛管理司。

除以上部分以外，还有海洋预警监测司、国土测绘司、地理信息管理司、国家自然自然资源总督察办公室、执法局、科技发展司、国际合作司、财物与资金运用司、人事司。