1、两者所使用发票不相同：

小规模纳税人销售只能适用一般的普通发票，它不可使用增值税专用发票，购买商品与一般纳税人相同，可以使用普通发票也可以收增值税专用发票，两者收取增值税专用发票之后帐务的处理方式不同。一般纳税人按价格款部分进入成本，而小规模纳税人则按照全额进入成本。

2、两者应缴纳的税金的计算方法不相同：

一般纳税人是按照抵扣制进行计算税金，即按销项减进项后的余额进行交税；而小规模纳税人则是按照销售收入除于（1+适用税率）后的金额再乘税率计算应该交税金。

3、两者的税率不相同：

一般纳税人的税率有0%、13%、17%的税率；而小规模纳税人的税率则是按照3%。