1、PCI是总线结构，而PCIe是点对点结构。

一个典型的结构是一个root port和一个endpoint直接组成一个点对点连接对，而Switch可以同时连接几个endpoint。一个root port和一个endpoint对就需要一个单独的PCI bus。而PCI是在同一个总线上的设备共享同一个bus number。过去主板上的PCI插槽都公用一个PCI bus，而现在的PCIe插槽却连在芯片组不同的root port上。

2、PCIe的连线是由不同的lane来连接的，这些lane可以合在一起提供更高的带宽。譬如两个1lane可以合成2lane的连接，写作x2。两个x2可以变成x4，最大直到x16，往往给带宽需求最大的显卡使用。

3、PCI配置空间从256B扩展为4k，同时提供了PCIe memory map访问方式。

4、PCIe提供了很多特殊功能，如Complete Timeout(CTO)，MaxPayload等等几十个特性，而且还在随着PCIe版本的进化不断增加中，对电源管理也提出了单独的State（L0/L0s/L1等等）。