次甲基蓝和亚甲基蓝是不一样的，次甲基蓝主要是甲基蓝的代称，是一种芳香杂环化合物，而亚甲基蓝主要是一种吩噻嗪盐，而且正电荷不稳定。用亚甲基蓝制备剥脱细胞试验染色液，并制备碱性亚甲基蓝染色液和氧化还原指示剂。亚甲基蓝用于测定汞、锡和还原滴定剂以沉淀高氯酸盐和铼，催化分光光度法用于测定硒和钼。亚甲基蓝是一种带不稳定正电荷的吩噻嗪盐，外观为深绿色青铜光泽晶体（三水合物），熔点215C，闪点14℃，密度1g（ml）。一般溶于乙醇中的水，不溶于醚。亚甲基蓝在空气中相对稳定，其水溶液呈碱性且有毒。广泛应用于化学指示剂、染料、生物染料和药物。