线粒体内膜蛋白质要多于外膜，主要是因为内膜它的通透性是比较差的，但是它的面积却要比外膜更大一些。线粒体的外膜是比较平滑的，上面含有的呼吸酶是比较少的，基本上是不含有的，而线粒体的内膜却有很多的脊，所以它的面积比较大，含有的酶也比较多，而这些酶在有氧呼吸中是发挥着重要的作用的。再者建立体的内膜通透性较差，上面有ATP合成酶复合体，也就是当没通过了这些通道之后，就会产生较多的ATP，这一特点是外膜所没有的。内膜上所存在的酶以及质子通道的结构基础其实都是蛋白质，因此线粒体内膜蛋白质要比外膜更多。