1、大小不同：细菌和病毒根据种类的不同，具体的大小会有所差异，但细菌一般是以微米为单位，可以用普通光学显微镜看到，而病毒就要更小一点，通常以纳米或毫微米为单位，必须用电子显微镜才能观察；

2、结构不同：细菌属于一种单细胞生物体，它有完整的包括细胞壁、细胞膜、细胞质和核质等。而病毒结构简单，没有细胞结构，主要是由内部的核酸（DNA或RNA）和外部的蛋白质外壳组成，不能够独立生存，必须在活细胞内寄生；

3、繁殖方式不同：主要通过无性二分裂方式繁殖，即细菌生长到一定时期，在细胞中间逐渐形成横隔，由一个母细胞分裂为两个大小相等的子细胞。病毒的繁殖方式又称为自我复制是以复制的方式在分子水平上进行自我增值；

4、化验指标不同：被细菌或病毒感染后，血常规的特点也不相同，如果白细胞计数升高，以中性粒细胞升高为主，考虑为细菌感染。如果白细胞计数正常或下降，伴有淋巴细胞计数的升高，就考虑为病毒感染；

5、治疗不同：被细菌或病毒感染后，抗细菌的药物和抗病毒的药物不能互相交叉使用，细菌感染主要采用抗菌药物来治疗，主要包括青霉素类、头孢类、大环内脂类、四环素类、喹诺酮类、氨基糖苷类这些药物，具有杀菌或抑菌活性的药物。病毒感染需运用抗病毒药物治疗，包括核苷类药物如恩替卡韦，转录酶抑制剂如依法韦仑，神经氨酸酶抑制剂如奥司他韦，还有DNA多聚酶的抑制剂，如更昔洛韦等，主要通过影响病毒复制周期的某一个环节来起作用。