在使用硝化细菌之前，先要将鱼缸中的进水开关以及出水开关都关闭，然后保持曝气的状态，并将鱼缸中的PH值调节到一个合适的位置（7.5—8.2之间）。然后按照比例(一立方水投放一公斤硝化细菌）将硝化细菌投入曝气池中，然后将温度调整到一个合适的位置（35度到40度）之间。

之后进行持续的曝气，这个时间段大概为二十四个小时左右，之后鱼缸中的微生物会被激活，然后它们会进入到一个比较活跃的状态进行繁殖。之后便可以继续往鱼缸中加水了，但是加水的时候要注意，刚开始加的时候可以少加点，然后慢慢增加加水的量。