答司马谏议书两人意见相反的原因是

全文立论的论点是针对司马光认为新法“侵官、生事、征利、拒谏、致怨”的指责，指出儒者所争，尤在于名实。名实已明，而天下之理得矣。从而说明变法是正确的。

司马光的攻击名实不符，全是谬论。文章逐条驳斥马司光的谬论，揭露出他们保守、腐朽的本质，表示出作者坚持改革，绝不为流言俗语所动的决心。

关于“侵官”，依据名实相符的原则，王安石阐明制定和贯彻变法的规章制度，有皇帝的命令，有朝廷官员大臣讨论确定，有具体官吏执行，步步有据可查，不是侵官。

关于“生事”，新法实行，影响一些大地主和大官的利益，引起他们不满，司马光把这说成扰民生事，王安石阐明变法是举先王之政，兴利除弊，可造福于人民大众，加强国家的统治，不是生事。