1、部门性质不同

纪检监察为一套班子，两块招牌，即纪检委党委机构、检查为政府部门。审计为政府部门。

2、职能不同

纪检监察主要职能是负责监督检查党的机构、党员贯彻执行党的路线、方针的情况，查处违纪党组织和党员的机构，监察是监督检查政府机构和政府系统公职人员的机关。审计的职能是依照国家法规、审计准则和会计理论，对被审计单位的财政、财务收支、经营管理活动进行审查和监督。

3、隶属部门不同

纪检监察分别隶属同级党委、上级纪检委和同级人大。审计隶属同级政府、上级审计机关管理。