1、病因不同。

虽然胃肠功能紊乱和慢性肠炎都是消化性疾病，但是两者的病因是不同的。胃肠功能紊乱与精神因素联系最密切，紧张、焦虑、烦恼等不良情绪都是该病的诱因。慢性肠炎通常是细菌、病毒、真菌等感染引起的，分为小肠炎和结肠炎两种类型。

2、症状不同。

胃肠功能紊乱以胃肠道症状为主要表现，患者可出现嗳气、咽部异物感、胃胀、胃痛等症状。有些患者虽然没有饥饿感，但是却时而食欲旺盛、时而毫无食欲。肠炎分为急性肠炎和慢性肠炎，慢性肠炎病程超过两个月，临床上有多种分型，包括慢性细菌性痢疾、慢性阿米巴痢疾、血吸虫病等，症状有腹痛、腹泻、血便、稀水便等。

3、治疗不同。

胃肠功能紊乱与患者的精神状态关系很大，患者除了对症治疗，还需要调整精神状态，可服用精神类药物。慢性肠炎要根据具体的疾病类型来进行治疗，以药物治疗为主，可使用解痉止痛药物，可同时服用营养补充剂。