属类不同：酿酒酵母是酵母菌属，汉逊酵母是Hansenula属。

形态特征不同：酿酒酵母的细胞为球形或者卵形，繁殖的方法为出芽生殖。汉逊酵母的细胞为圆形、椭圆形或腊肠形，多边芽殖。

用途不同：酿酒酵母用于制作面包和馒头等食品及酿酒，汉逊酵母主要用途为研究、教学和制作白酒。