品种不同：艾草和水蒿虽然都属于菊科、蒿属的植物，但是两者品种不同，属于不同的两种植物。

株型不同：艾草的主根明显，略粗长，直径可达1.5厘米，茎部高度约80-150厘米左右。水蒿要比前者低矮一些，它的主干较细小，株高要低矮一些，高度大约60-150厘米左右。

叶子不同：从叶子方面也能分辨出不同，艾草的叶子要宽大一些，叶子表面颜色为灰绿色，叶子边缘分布较小的锯齿。水蒿的叶子虽然小一点，但相对细长一些，叶子边缘分布较深的锯齿。

气味不同：艾草和水蒿都能散发味道，不过，艾草的味道较浓烈，会较辛辣、清凉，水蒿的气味偏清淡。