海口站站房设计结合了交通建筑的特点与海南地域特色，使得该站房流线分明、简捷、流畅。

截至2015年11月，海口站站场规模为5台9线，共有5个旅客上下通道和5个行包通道。

截至2018年3月，海口站在出口处设有更衣室。在售票厅、候车室、进出站口为出行的旅客提供咨询、引导、导购车票等服务。