亚甲基蓝可以治疗鱼的一些疾病，但用药一定要控制好用量，如果浓度过高会形成药害，不仅不能起到治疗的效果，反而会对鱼的健康产生危害。

在化学实验中，分析纯亚甲基蓝可用作化学试剂中的吸附指示剂，也可用以沉淀高氯酸盐和铼酸盐，催化光度测定硒和钼等。

亚甲蓝还具有氧化性，可以氧化一些还原性较强的物质，自身被还原成无色的还原态亚甲蓝。可以被一些氧化性物质，如空气中的氧氧化，又生成氧化态的蓝色亚甲蓝。