碳十三是碳的稳定同位素之一，它们主要的区别在于性质的不同，碳十三性质是比较稳定的，而碳十四具有微弱的放射性，所以碳十三呼气试验要更加安全，且准确性高，一般比较适合儿童或者孕妇等弱势人群。

此外碳十四化学性质不是很稳定，且还有一定的放射性，主要是用于测定年代为主，而碳十三性质稳定，一般是用于检查之用居多，而它的原子核中只有6个核外电子，所以通常用碳十三检测最为适合。

若是用碳十三或者碳十四做呼气试验的话，一般都是用来检测是否有病菌的感染，但是在检查的时候，通常碳十四的检查要比碳十三更方便简单一些，且使用的时间也比较短，相对来说也比较准确一些。