一、成像原理不同：脑部核磁共振检查主要是水分子在共振过程中成像，CT检查是通过X射线密集扫描成像。

二、适应症及优势不同：

1、核磁共振检查没有辐射，CT检查有一定辐射性，部分婴幼儿或者孕妇可以进行脑部核磁共振检查；

2、CT检查对于钙化以及出血的敏感性优于核磁共振检查，所以怀疑脑出血的时候可以用CT检查快速诊断；

3、核磁共振检查对出血的不同阶段，会表现为不同影像，所以可以显示动态变化过程，CT检查不可以；

4、身上有磁性或者金属的患者不可以进行核磁共振检查，如支架、骨科器械，有一定危险。