1、在使用人群上，新农合是新农村合作医疗是农村户口的民众购买缴纳，医保是居民医疗保险是非农业户口的民众购买缴纳。

2、在报销比例上有所差异，医保起付线比新农合高，在大医院的报销比例稍高一些，交钱也多一些。新农合在则乡镇医院报销比例高，但是可以报销的医药目录比医保要少一些，且最高报销的封顶也比城镇医保少。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》

第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。