1、理论基础不同,治疗方案也有不同:中医是以我国特有的阴阳学说为基础,从整体上讲求阴阳平衡,治疗方案首先讲求调理阴阳,也就是人们通常说的“治本”,阴阳学说、五行学说、脏腑学说、经络学说是构成中医理论的基础和要素,中医治疗方案讲求治本为主,标本兼治,而西医是以解剖学和生理学病理学为基础,非常客观和直观地把人体和病因分析后,针对性地进行治疗,西医针对性地治疗,不等于是片面的和微观的,这是人们对中医和西医的误解,中医不等于不讲求局面,西医不等于头痛医头,脚痛医脚。

2、药品主要来源不同,主要来源不同:其实西药也有不少是天然药的提取物,如最初的黄连素。

3、由于理论体系不同:同样的疾病,经中医诊断后,很难用西药去治疗,而经西医诊断后,也很难用中药治疗,中西医结合的研究,正是使两者尽可能地融通。