1、理论基础不同，治疗方案也有不同：中医是以我国特有的阴阳学说为基础，从整体上讲求阴阳平衡，治疗方案首先讲求调理阴阳，也就是人们通常说的“治本”，阴阳学说、五行学说、脏腑学说、经络学说是构成中医理论的基础和要素，中医治疗方案讲求治本为主，标本兼治，而西医是以解剖学和生理学病理学为基础，非常客观和直观地把人体和病因分析后，针对性地进行治疗，西医针对性地治疗，不等于是片面的和微观的，这是人们对中医和西医的误解，中医不等于不讲求局面，西医不等于头痛医头，脚痛医脚。

2、药品主要来源不同，主要来源不同：其实西药也有不少是天然药的提取物，如最初的黄连素。

3、由于理论体系不同：同样的疾病，经中医诊断后，很难用西药去治疗，而经西医诊断后，也很难用中药治疗，中西医结合的研究，正是使两者尽可能地融通。