1、交易方式不同：银行间债券市场参与者以询价方式与自己选定的交易对手逐笔达成交易，交易所则以竞价的方式来进行交易。

2、债券类型不同：记账式国债的大部分、政策性金融债券都在银行间该市场发行并上市交易，而交易所市场则以企业债为主，此外还有可转债以及可交债等特殊债券。

3、参与主体：银行间债券市场的参与主体为商业银行、农村信用联社、保险公司、证券公司等金融机构，而交易所债券市场则包括机构投资者和个人投资者。