1、天主教以罗马教廷为自己的组织中心，承认教皇为最高领导（即承认在普世教会中的首席权），具有浓厚的"普世"以及"一统"的色彩。基督教则反之，不接受教皇的领导权威，认为教皇制是历史的、人为的产物。因此，基督教没有自己的权力中心，教派之间的联系松散。另外，基督教废除天主教的教阶制，主张教会生活多样化，认为教徒无需神职人员即可与神直接交通，教徒就是司祭。而天主教则强调神职人员的中介作用，从而使神职人员享有一个较崇高的地位。

2、圣经中的十五卷次经基督教一律不收入，天主教则收入其中的十二篇。另外，天主教还将不见之于《圣经》记载的、代代流传的"圣传"视为圭臬，而基督教则不以为然。基督教与天主教在读经态度上亦有不同，基督教强调个人的发挥，天主教讲究集体的注释。

3、天主教对耶稣之母玛利亚特别恭敬，尊其为"天主之母"，而基督教则没有此一礼拜。天主教非常恭敬圣徒、天神、圣像、圣物，基督教的教堂中则见不到这些事物，在他们看来，这是偶像崇拜。