琼州海峡地处热带，气候温暖，降雨量充沛，不过台风也比较频繁，平均每年大概为3至4次左右，是该地区主要自然灾害之一。

琼州海峡渔场众多，有丰富的渔业资源，比如黄花鱼、鲶鱼、鲍鱼等等，其种类多，经济价值高，同时，还是重要的运输航道。