食物进入水母胃腔，胃层的腺细胞开始分泌蛋白酶，分解、消化食物使之形成许多多肽，同时胃腔的营养肌肉细胞的鞭毛运动可以混合和推动食物。

营养肌肉细胞的伪足吞噬食物颗粒，在细胞内形成大量食物泡，经酸性及碱性的化学过程后，营养物质通过各种管道输送到全身，未消化的食物残渣仍由口排出。