九寨沟自然保护区地势南高北低，九寨沟地处青藏高原向四川盆地过渡地带，地质背景复杂。

九寨沟国家级自然保护区主要保护对象是以大熊猫、金丝猴等珍稀动物及其自然生态环境。

九寨沟国家自然保护区是岷山山系大熊猫的核心地和走廊带，具有典型的自然生态系统，为全国生物多样性保护的核心之一。