南京南站的客流量比较大，中转换乘时需要考虑排队、路线不熟、车站规定等情况，如果不慎走错通道，只能出站再进站的话，换乘花费的时间相对比较多，最好还是预留多一点时间换乘。

南京南站12站台至21站台之间，共有5个站台面设立中转换乘便捷通道，并增设站台标识，乘客下车后要注意观察好路牌，沿着地标走找到换乘垂直电梯，大概需要5分钟就可以从站台直接进入候车室候车。