甲烷菌是可以净化污水的，甲烷菌一般会在缺少或没有氧气的环境中，通过发酵的方式来分解掉污水里的有机物，这样污水就得到了一定程度的净化。

甲烷菌可以净化污水，不过在含氧量正常或高的环境下，甲烷菌会被降低活性，降低了活性的甲烷菌无法正常分解物质，甲烷菌是古细菌的一种，对氧气敏感且厌恶。