火车上的大便通常采用的是自然降解法，即是将大便通过厕所底部的管道排放到铁轨沿线，例如田野、草堆、灌木丛等地，等待大便在自然环境中降解。一般情况下，火车的厕所在到站前五分钟左右会关闭，以免污染站台环境。

由于火车底部的真空吸力很强，如果厕所的排便孔设计得较大，有可能会导致人也被吸附在厕所上。除了火车以外，高铁、动车也是这样小孔的设计，不同的是，高铁、动车的厕所排泄物一般是用收集箱装好，到站后，由专门的负责人抽送运走。